MTも最新版は早くもバージョン4.1が発売されているようですが、自分のバージョンは3.xのままのため、対応しているプラグインやタグの違いに注意が必要なようです。プラグイン自体は何の難しい設定も不要で、ブログのルートにあるpluginsフォルダに解凍したplファイルをアップロードするだけで、使用できます。ほとんどコピーで参考にさせて貰ったのですが、念のためコードをかいておきます。
ちなみに細かいのですが、月の表示が”01″となるのではなく”1月”みたいな、”0″を抜いた表記にしたかったため、bird.dip.jpさんのMonthly Archiveを参考に簡単な改造をしております。

<ul>
<MTIfArchiveTypeEnabled archive_type=”Monthly”>
<div class=”module-archives module”>

<MTArchiveList archive_type=”Monthly”>
<MTArchiveDateHeader>
<li><$MTArchiveDate format=”%Y”$>年<br />
<MTArchiveYear order=”ascend”>
<MTArchiveYearIfEntries>
<MTArchiveLoad>
<MTDateHeader><a href=”<$MTArchiveLink$>”><$MTArchiveDate format=”%T”$>月</a></li></MTDateHeader>

</MTArchiveLoad></MTArchiveYearIfEntries></MTArchiveYear>
</MTArchiveDateHeader></MTArchiveList>

</MTIfArchiveTypeEnabled>
</ul>